Das VBS gliedert sich in die fünf Bereiche "Verteidigung", "Bevölkerungsschutz", "Sport", "armasuisse" und "Nachrichtendienst des Bundes". Diese Departementsbereiche sind dem Departementschef direkt unterstellt.
Website Bereich Verteidigung 
Website Bereich Bevölkerungsschutz
Website Bereich Sport
Website Bereich Beschaffung/armasuisse
Webseite Bereich Nachrichtendienst des Bundes
Das Generalsekretariat unterstützt den Departementschef in seinen vielfältigen Aufgaben. Es steuert, koordiniert und überwacht den optimalen Einsatz der Ressourcen in den einzelnen Bereichen. Dazu gehören neben Personal und Finanzen auch die Kommunikation, das Recht und Umweltfragen.
Das Oberauditorat leitet Strafverfahren ein, die der militärischen Gerichtsbarkeit zugeordnet sind und trägt die Verantwortung für eine gesetzeskonforme und effiziente Aufgabenerfüllung der Militärjustiz. Diese ist von der Armeeführung und der Verwaltung unabhängig.
