Eine hohe Personalfluktuation, Kritik von heutigen und ehemaligen Mitarbeitenden an der Personalführung sowie negative Rückmeldungen von luftwaffeninternen Kunden an umgesetzten und/oder geplanten Reorganisationsmassnahmen führten dazu, dass sich der Kommandant Luftwaffe - unter Zustimmung des FAI-Direktors - Ende 2008 entschieden hat, 2009 zusätzlich eine Personal- und Kundenbefragung FAI durchzuführen. Ziel der in den Monaten August bis Oktober 2009 durch eine externe Fachperson erfolgten Befragung war, ein möglichst objektives Bild der aktuellen Situation im FAI zu bekommen. Basierend auf dem Ende 2009 vorgelegten Schlussbericht hat der Kommandant Luftwaffe nun entschieden, im FAI sowohl organisatorische als auch personelle Massnahmen vorzunehmen. Unter Berücksichtigung aller Fakten wird die Institutsleitung abgelöst und die geplanten Reorganisationsmassnahmen werden sistiert. Ab 1. März 2010 wird das FAI durch einen Direktor adinterim geführt.
Das FAI ist das schweizerische Kompetenzzentrum für medizinische und psychologische Beurteilungen von Männern und Frauen in Sicherheit und Leistung in Bereichen militärischer und ziviler Aviatik, Transport und Management. Für die Armee untersucht das FAI Piloten und Fallschirmaufklärer, Anwärter auf eine Generalstabsausbildung sowie Angehörige von Spezialeinheiten. Das FAI führt für das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) Eignungs- und Tauglichkeitsuntersuchungen von Piloten und Flugverkehrsleitern/-innen nach international gültigen Massstäben durch. Es ist das Aeromedical Center der Schweiz nach Richtlinien der Joint Aviation Authorities (JAA).