Nach der Rückweisung der ursprünglichen BWIS II-Vorlage durch die Eidgenössischen Räte im Frühjahr 2009 wurde diese überarbeitet. Insbesondere wurde auf die in der ursprünglichen Botschaft enthaltenen besonderen Mittel der Informationsbeschaffung verzichtet, so zum Beispiel auf das Beobachten an nicht allgemein zugänglichen Orten, auch mittels technischem Überwachungsgerät. Die Notwendigkeit solcher Massnahmen soll im Rahmen des zukünftigen, gesamtheitlichen Nachrichtendienstgesetzes nochmals geprüft werden. Die Botschaft zu diesem Gesetz soll spätestens Ende 2012 vorliegen.
Bei den verbleibenden Punkten der Vorlage BWIS II geht es einerseits um die Aktualisierung von Regelungen, die sich auf Verordnungsstufe bewährt haben, so die Lagedarstellung bei sicherheitspolizeilich heiklen Grossereignissen wie dem WEF. Andererseits geht es um die Weiterführung und die explizite formellgesetzliche Verankerung von bereits seit vielen Jahren gängigen Massnahmen und Tätigkeiten wie Schutz und Entschädigung von Informantinnen und Informanten, Verleihung von Tarnidentitäten und Bewaffnung von besonders gefährdeten Mitarbeitenden des Nachrichtendienstes.