Le DDPS regroupe cinq domaines : "la défense", "la protection de la population", "le sport", "armasuisse" et "le service de renseignement de la Confédération". Les domaines départementaux sont directement subordonnés au chef du département.
Site web domaine Défense 
Site web domaine Protection de la population
Site web domaine Sport
Site web domaine Acquisitions/armasuisse
Page web domaine Service de renseignement de la Confédération
Le secrétariat général appuie le chef du département dans ses nombreuses tâches. Il gère, coordonne et contrôle l'engagement optimal des ressources dans les divers domaines que sont le personnel, les finances, la communication, le droit et l'environnement.
L’Office de l’auditeur en chef ouvre des poursuites pénales relevant de la juridiction militaire et veille à l’exécution efficace et conforme à la loi des mandats de la justice militaire. Celle-ci est indépendante du commandement de l’armée et de l’administration.
