Le Secrétariat général du DDPS appuie le chef du département dans ses fonctions de membre du Conseil fédéral, ainsi que dans la conduite du département. Il est responsable de faire appliquer la stratégie politique dans les domaines départementaux que sont la défense, la protection de la population, les sports et armasuisse. Il se charge de la planification, du controlling et de la coordination au niveau du département.
Un conseiller fédéral, pour accomplir sa tâche de chef de département et membre du gouvernement, doit pourvoir s’appuyer sur un état-major efficace. C’est la fonction qu’assume le Secrétariat général, qui s’occupe des domaines suivants :
Domaines
- Secrétaire général suppléant - Droit, centre de dommages et activités d'appui
- Etat-major du chef du DDPS
- Secrétaire général suppléant - Politique de sécurité
- Communication DDPS
- Finances DDPS
- Personnel DDPS
- Territoire et Environnement DDPS
Outre les domaines du SG DDPS, les unités administratives suivantes sont également subordonnées au secrétaire général:
- Office de l'auditeur en chef