La Segreteria generale del DDPS assiste il capo del Dipartimento tanto nella sua qualità di membro del Consiglio federale quanto nella direzione del Dipartimento. Essa è responsabile della concretizzazione della strategia politica nei settori dipartimentali "Difesa", "Protezione della popolazione", "Sport" e "armasuisse". Inoltre provvede alla pianificazione, al controlling e al coordinamento a livello di Dipartimento.
Per far fronte ai propri impegni di capo di Dipartimento e membro del Governo, un Consigliere federale ha bisogno di uno stato maggiore efficiente. Questo compito è assunto dalla Segreteria generale che, in seno al DDPS, comprende i seguenti settori:
Settori
- Segretario generale supplente - Affari giuridici, centro danni e supporto
- Stato maggiore del capo del DDPS
- Segretario generale supplente - Politica di sicurezza
- Comunicazione DDPS
- Finanze DDPS
- Personale DDPS
- Territorio e ambiente DDPS
Oltre ai settori della Segreteria generale del DDPS, al Segretario generale sono assegnate amministrativamente le unità seguenti:
- Ufficio dell'uditore in capo (UC)