Il DDPS è uno dei maggiori proprietari fondiari della Svizzera. Gran parte delle superfici utilizzate dai militari si situa nel perimetro degli inventari relativi alla protezione della natura e del paesaggio. L’uso a fini militari favorisce in molti luoghi la salvaguardia dei beni naturali, per esempio di siti di riproduzione di anfibi, ma può anche avere conseguenze negative che occorre minimizzare. Nella Costituzione federale gli interessi della difesa nazionale e della protezione della natura sono equivalenti.

Da 20 anni il DDPS protegge e promuove la varietà delle specie e i loro habitat sulle aree militari con il programma Natura – Paesaggio – Esercito (NPEs). Nell’ambito di tale programma su ampie aree quali le piazze d’armi, le piazze di tiro o gli aerodromi sono stati censiti i beni naturali e le utilizzazioni dell’esercito e di terzi, identificati i conflitti nonché definite e attuate le misure volte ad attenuarli. I dossier corrispondenti vengono aggiornati periodicamente o in occasione di cambiamenti importanti. Questo impegno ha dato i suoi frutti, infatti su queste aree si osserva una concentrazione superiore alla media di specie di uccelli e piante inseriti nella lista rossa delle specie minacciate. Inoltre sulle aree militari incontriamo più spesso la maggior parte delle specie di uccelli tipiche delle zone agricole rispetto alle zone rurali adiacenti. Le aree militari costituiscono quindi delle oasi in un paesaggio fortemente sfruttato e contribuiscono in maniera determinante alla promozione della biodiversità in Svizzera. 

Infine il DDPS ha anche elaborato un inventario delle opere di combattimento e di condotta con potenziale o valore ecologico. Segnatamente le opere di sbarramento (i cosiddetti «tobleroni») che si estendono su lunghe distanze attraverso regioni dove si pratica un’agricoltura intensiva hanno una funzione importante nella connessione degli habitat. Vanno pertanto salvaguardate.