Il DDPS è costituito da sette unità amministrative direttamente subordinate al capo del Dipartimento: l’Aggruppamento Difesa e sei uffici federali, ossia la Segreteria generale, il Servizio delle attività informative della Confederazione, l’Ufficio federale dell’armamento (armasuisse), l’Ufficio federale di topografia (swisstopo), l’Ufficio federale della protezione della popolazione e l’Ufficio federale dello sport.

L'Ufficio dell'uditore in capo è anche un'unità amministrativa del DDPS. È il centro di competenza per i tribunali militari di tutte le istanze e per le autorità penali militari; le stesse sono indipendenti sotto ogni punto di vista dai vertici del dipartimento, dall'Amministrazione e dell'esercito. In quanto tale crea pure le premesse affinché suddetti organismi possano adempiere in modo ottimale i compiti assegnati loro dalla legge.