Bei allen Plangenehmigungsverfahren in der Zuständigkeit des Bundes ist die Genehmigungsbehörde im jeweiligen Fachdepartement angesiedelt. Die Regelung für militärische Bauvorhaben im Militärgesetz ist keine Besonderheit.
Das Verfahren wird vom Generalsekretariat und damit auf Stufe des Departements geführt. Dies gewährleistet die nötige Unabhängigkeit.
Der Entscheid des VBS kann vor Bundesverwaltungsgericht und in zweiter Instanz vor Bundesgericht angefochten werden. Somit ist eine externe Kontrolle gewährleistet.
In der Vergangenheit sind sehr selten Beschwerden gegen Plangenehmigungen des VBS erhoben worden.

Das VBS ist immer dann zuständig, wenn ein vorwiegend militärischer Grund für die Errichtung oder Änderung einer Anlage vorliegt. Ob es sich um eine an sich zivile Baute handelt und wem sie gehört, ist nicht ausschlaggebend. So fallen insbesondere Änderungen an den kantonalen Waffenplätzen auch unter die Plangenehmigungspflicht.

Mit der Plangenehmigung werden ebenfalls bauliche Massnahmen bewilligt. Die Plangenehmigung hat aber darüber hinaus den Charakter eines Sondernutzungsplans, d. h. es werden auch die Nutzung und der Betrieb genehmigt.

Spezielle, für die Sicherheit der Schweiz besonders wichtige Anlagen, fallen von Gesetzes wegen unter die Geheimhaltung. Solche Anlagen sollen aufgrund ihrer Bedeutung gebaut werden können, ohne dass dagegen Rechtsmittel bestehen. Zudem sollen schützenswerte Informationen nicht in rechtlichen Verfahren offen gelegt werden müssen. Deshalb legt das Militärgesetz fest, dass für derartige Anlagen keine Plangenehmigung erforderlich ist.

Die Auswirkungen auf die Umwelt oder Dritte werden jedoch eruiert und die nötigen Massnahmen vorgesehen. Direkt betroffene Behörden und Private werden – unter Einhaltung der Informationsschutzvorschriften – einbezogen.