Bei der Ausübung seiner vielfältigen Tätigkeiten beeinträchtigt das VBS unweigerlich den Boden, sei es durch das Schiessen, dem Fahren mit schweren Fahrzeugen im Gelände, durch den Gebrauch von Spritzmitteln bei der Umgebungspflege von Immobilien oder durch den Eintrag von Schadstoffen aufgrund eines Unfalls.

Sämtliche mit Abfällen belasteten Standorte, die durch das VBS verursacht wurden, werden im öffentlichen Kataster der belasteten Standorte des VBS (KbS VBS) geführt. So sind rund 550 Zielgebiete und rund 2000 belastete Betriebsstandorte, Deponien und Unfallstandorte im KbS eingetragen. Geht von diesen Belastungen eine Umweltgefährdung aus, so werden diese Standorte gemäss der Altlasten-Verordnung saniert.

Um die Belastungen des Bodens so gering wie möglich zu halten, trifft das VBS verschiedene Schutzmassnahmen: Schiessanlagen werden so weit wie möglich mit emissionsmindernden Systemen ausgestattet, damit die Schwermetalle aus der Munition nicht ins Erdreich gelangen. Zur Vermeidung von Bodenverdichtungen sind Fahrten mit schweren Fahrzeugen nur auf befestigen Wegen erlaubt; freie Übungsfahrten erfolgen nur im dafür ausgeschiedenen Fahrübungsgelände. Der Einsatz von Pflanzenschutzmitteln ist zum Schutz vor einer chemischen Belastung des Bodens streng geregelt. Die Anwendung erfolgt nur in begründeten Fällen und unter Beachtung der gesetzlichen Bestimmungen.

Um zukünftige Bodenbelastungen zu minimieren, werden so weit wie möglich Simulatoren für den Schiess-und Fahrbetrieb eingesetzt und alternative Unkrautbekämpfungsmethoden geprüft.