Das VBS gliedert sich in sieben Verwaltungseinheiten, die der Chefin VBS direkt unterstellt sind: die Gruppe Verteidigung und die sechs Bundesämter Generalsekretariat, Nachrichtendienst des Bundes, Rüstung (armasuisse), Landestopografie (swisstopo), Bevölkerungsschutz und Sport.

Das Oberauditorat ist ebenfalls eine Verwaltungseinheit des VBS. Es ist der Dienstleistungsbetrieb der Militärjustiz und schafft die Voraussetzungen, dass die sowohl von der Departementsleitung und der Verwaltung als auch von der Armeeführung in jeder Hinsicht unabhängigen militärischen Strafverfolgungsbehörden und Militärgerichte aller Instanzen ihren gesetzlichen Auftrag kompetent erfüllen können.