Le DDPS est constitué de sept unités administratives directement subordonnées à la cheffe du DDPS : le groupement de la Défense et les six offices fédéraux que sont le Secrétariat général, le Service de renseignement de la Confédération, l’Office fédéral de l’armement (armasuisse), l’Office fédéral de topographie (swisstopo), l’Office fédéral de la protection de la population et l’Office fédéral du sport.

L‘Office de l'auditeur en chef est aussi une unité administrative du DDPS. Il assure son service de prestations et crée les conditions nécessaires pour que les autorités pénales militaires et les tribunaux militaires puissent remplir leur mandat légal de manière compétente. L'indépendance des autorités de poursuite pénale de la Justice militaire est garantie à tous points de vue, aussi bien par rapport à la direction du département, à l'administration et au commandement de l’armée.