Le DDPS est l’un des plus importants propriétaires fonciers de Suisse. Une grande partie des surfaces utilisées à des fins militaires se trouve à proximité d’un inventaire du paysage ou d’une réserve naturelle. En maints endroits, l’activité militaire favorise la conservation de valeurs naturelles, comme les sites de reproduction de batraciens. Elle peut néanmoins avoir aussi des effets néfastes, qui doivent être réduits autant que possible. Dans la Constitution fédérale, la défense du pays et la protection de la nature et du paysage ont une importance identique.

Depuis 20 ans, le DDPS protège et favorise la diversité des espèces et de leurs habitats sur les sites militaires dans le cadre de son programme Nature – Paysage – Armée (NPA). Sur les sites d’envergure comme les places d’armes, les places de tirs ou les bases aériennes, il a référencé les valeurs naturelles ainsi que les activités de l’armée ou de tiers, identifié les conflits d’intérêt, puis défini et appliqué les mesures pour les désamorcer. Les dossiers correspondants sont mis à jour de façon périodique ou lors de changements importants. Cet engagement porte ses fruits : des espèces aviaires et végétales figurant sur les listes rouges des espèces menacées sont ainsi observées avec une fréquence supérieure à la moyenne sur les sites militaires. De plus, la majorité des espèces d’oiseaux caractéristiques des zones agricoles y sont plus fréquentes que dans la campagne environnante. Ces endroits représentent ainsi des oasis dans un paysage utilisé de manière intensive et contribuent fortement à la préservation de la biodiversité en Suisse.

Enfin, le DDPS a établi un inventaire des ouvrages de combat et de commandement ayant une valeur écologique, par exemple les « Toblerones ». Ces positions de barrage relativement longues, qui traversent des zones d’exploitation agricole intenses, jouent un rôle essentiel en reliant les différents biotopes et méritent donc d’être conservées.