Das VBS engagiert sich beim Bau und Betrieb seiner Immobilien sowie bei der Beschaffung von Fahrzeugen für die Reduktion von schädlichen Luftschadstoffemissionen. Das VBS führt eine Datenbank über alle Heizanlagen und Wärmeerzeuger seiner Immobilien und führt periodische Emissionsmessungen der Anlagen durch. Bei Grenzwertüberschreitungen werden die Anlagen saniert.

Das VBS ist bestrebt, das Wasser in seiner Qualität und als natürliche Ressource zu schützen. Am besten gelingt dies, indem mit dem Wasser sorgsam umgegangen und der Wasserverbrauch möglichst tief gehalten wird.

Hierfür wendet das VBS mitunter planerische Massnahmen (z. B. Schutzzonen für Trinkwasserfassungen) an und erlässt auch die erforderlichen Einschränkungen für Tätigkeiten der Truppe. Weiter betreibt das VBS eigene Trinkwasserfassungen, Abwasserreinigungsanlagen und setzt generelle Entwässerungspläne (GEP) bei seinen Immobilien um. Ebenfalls Thema des Gewässerschutzes im VBS ist der Umgang mit wassergefährdenden Flüssigkeiten und Stoffen.

Das VBS muss beim Strahlenschutz dieselben gesetzlichen Auflagen einhalten wie Private und Industrieunternehmen. Da das Radon für etwa 40 Prozent der Strahlenbelastung der Schweizer Bevölkerung verantwortlich ist, misst das VBS regelmässig die natürliche Radonexpositionen seiner Mitarbeitenden (insbesondere in unterirdischen Anlagen) und setzt gegebenenfalls Sanierungsmassnahmen um. Die Einhaltung wird über das Bundesamt für Gesundheit und die SUVA überwacht.

Radioaktive Substanzen kommen im VBS beispielsweise in Röntgengeräten oder als Enteisungswarngeber beim Superpuma vor.

Das VBS verfügt über ortsfeste Anlagen (Radar, Trafostationen usw.) sowie mobile Geräte (Funk, Radar), welche elektromagnetische Wellen, sogenannte Nichtionisierende Strahlung, aussenden. Für seine Anlagen hat es die Einhaltung der massgebenden Emissionsgrenzwerte nachzuweisen. Dies wird durch ein Standortdatenblatt (Rechenprognose) oder anhand eines Messberichts erbracht.

Die Störfallverordnung gibt vor, von welchen Anlagen und Betrieben eine Gefährdung für Bevölkerung und Umwelt ausgehen kann und welche Sicherheitsmassnahmen zur Risikominimierung getroffen werden müssen. Die Störfallverordnung fordert kein Nullrisiko, sondern ein tragbares Risiko, da ein Störfall trotz aller Sicherheitsvorkehrungen nie ausgeschlossen werden kann. Der Nachweis des tragbaren Risikos ist anhand eines Kurzberichts und einer Risikoermittlung zu erbringen.

Unter die Störfallverordnung fallen insbesondere die zahlreichen Tank- und Munitionsanlagen des VBS. Das VBS ist dazu verpflichtet, die Sicherheitsvorkehrungen laufend auf ihre Funktionalität zu überprüfen und die Anlagen gegebenenfalls zu warten, anzupassen oder zu erweitern.